El problema de este mecanismo es si un archivo que estaba formado por cuatro clusters consecutivos va agrandando su tamaño, necesitará más clusters y es muy probable que los siguientes de los cuatro estén ocupados y se deba tomar otro que esté libre en alguna otra parte del disco, según lo indique la FAT. Como consecuencia de esto, a medida que vamos trabajando con los archivos se crean huecos de clusters y también se van desparramando las partes de un archivo por todo el disco, lo cual hace que para leer un archivo los cabezales del disco deban efectuar muchos movimientos y esto implica mayor cantidad de tiempo que si leyeran sectores consecutivos.
Los desfragmentadores son utilitarios encargados de corregir este problema y aumentar de esta manera el rendimiento de los accesos a los archivos, con el consecuente beneficio sobre el resto del sistema y las aplicaciones que corren sobre éste. Su función es simplemente reorganizar los archivos para que sus datos se ubiquen en clusters contiguos cuando sea posible. En algunos casos, también permiten seleccionar a cuáles archivos se desea acceder más rápidamente y los ubican en partes del disco especificas. Un ejemplo de estos utilitarios es el conocido SpeedDisk que incluyen las Norton Utilities.
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